1)It´s going to be worth it in the end. 2)In the end it´s going to be worth it. 3)It´s gonna be worth it in the end.-->Informal
A posição de "in the end"(no final) me parece mais comum no fim de frases(1) do que no começo(2) e o Google comprova isto(1,120,000) ocorrências contra (65,600).