In/On: Where is it?

Estava eu fazendo liçoes no LiveMocha, e então um exercício me chamou a anteção.

Comparação:

Sem levar em conta a posição das duas pessoas (que estão sentadas), no primeiro exemplo é usado ON. “She is on the box”. No segundo exemplo é usado IN. “She is in the chair”. Por que não é usado ON? “She is on the chair”

ex.1
Where is she? She is on the box. / Onde ela está? Ela está sobre a caixa. (ou: em cima da caixa)

ex.
Where is she? She is in the chair. / Onde ela está? Ela está na cadeira.


Noutro exercício, havia um garoto dentro de um ônibus escolar e estava olhando pra fora pela porta como se estivesse olhando o lugar para descer.
Se este garoto está dentro do ônibus e não em cima dele... por que a frase em inglês não segue a mesma linha de raciocínio?

Where are you? I am on the bus.
Onde você está? Eu estou no ônibus.

Isto não seria "Eu estou sobre o ônibus"?