Segundo o macmillandictionary.com, o phrasal verb (informal) "make up to" pode significar:
1) blackmail, bribe, flatter
2) befriend, make friend
3) praise, congratulate, compliment
Assim, a tradução da frase pode ser:
Você percebe a maneira desagradável que ela agrada o chefe.
Você nota a maneira desagradável que ela adula o chefe.
Você vê a maneira desagradável que ela bajula o chefe.
Você viu a maneira como ela conquista/compra/chantageia (no sentido de chantagem emocional) o chefe.
Você notou a maneira nojenta como ela puxa o saco do chefe.
Várias possibilidades.
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