They were thinking about what [she was x was she] doing.

Olá,
Tenho conhecimento de como usar as wh-words (what, when, why, who, etc) em frases questionativas, como "What is she writting?", mas estava pensando em como deve ser a estrutura se eu estiver usando as wh-words no afirmativo, tomando esta frase como exemplo:
"Eles estavam pensando no que ela estava fazendo"
Qual seria o jeito correto de escrevê-la no inglês?
"They were thinking about what SHE WAS doing." ou "They were thinking about what WAS SHE doing."
Questões como também: "I wondered why she did that" ou "I wondered why did she do that."
Lembrando que nenhum dos exemplos é uma pergunta, mas uma afirmação.
Obrigada aos que responderem.